產(chǎn)品成本高。以生物航空燃料為例，其成本是石油航空煤油的數(shù)倍，在成本上沒有競爭優(yōu)勢。雖然航空公司也會購買一定數(shù)量的生物航空燃料，但考慮到成本，購買量不會很大。此外，成品油的生產(chǎn)還將產(chǎn)生外部間接成本。

目前，生物燃料大的問題是原材料的供應(yīng)。在今年全球糧食危機的背景下，廚房廢油和木本油料作物已成為重要的原材料來源。木本油料作物應(yīng)盡量不占用耕地和居民點用地，應(yīng)采用能適應(yīng)惡劣環(huán)境的作物為原料，如耐旱、耐鹽堿等環(huán)境的生物質(zhì)。完善廚余油回收系統(tǒng)，建立廚余垃圾收集、運輸、管理一體化的運營模式。

歐美國家對亞麻薺菜的種植和應(yīng)用進行了探索。亞麻薺菜是一種古老的油料作物，生長周期短（4個月），產(chǎn)油率高（30%–45%），化肥、農(nóng)藥、除草劑等投入量低，從中提取油，殘渣加工成飼料。在副產(chǎn)品附加值的幫助下，生物燃料的高成本是不夠的，甚至整個產(chǎn)業(yè)鏈都扭虧為盈。

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