他沒想到的是，四年級劃分時，清華營建系已改為純工科的建筑系，沒有了建筑史。他被分到工業(yè)建筑，畢業(yè)后分配到中國科學(xué)院土木建筑研究所。幸而1956年9月中科院與清華建筑系合辦建筑歷史與理論研究室，梁思成任主任，傅熹年被所在單位派到這個研究室工作，得以回到母校清華。他以為終于實現(xiàn)了研究中國建筑史的夙愿，但命運(yùn)再一次捉弄了他。
反右運(yùn)動中，因一些私下閑談被人揭發(fā)，他被劃成右派，1959年春下放建筑工程部的北京南口農(nóng)場勞動。
說起這次下放，他只淡淡地說工作是“放牛、養(yǎng)豬、種老玉米”。他覺得自己很厲害的是給母豬接生，十個八個呼嚕一下子就生出來了，“挺好玩的”。下放的近兩年里，他抽空反復(fù)通讀了帶去的《資治通鑒》和宋《營造法式》。
1960年10月，他摘掉了右派帽子，返回單位。反右后，建筑歷史與理論研究室已被清華撤銷，經(jīng)梁思成聯(lián)系，傅熹年等非清華人員調(diào)到了建筑工程部所屬的建筑科學(xué)研究院建筑歷史室。工作室的主任是梁思成，副主任是劉敦楨、汪季琦。傅熹年被編入民居研究組，參加了王其明負(fù)責(zé)的浙江民居調(diào)查。
有一次，啟功偶然從一個信封里找到幾張“漏網(wǎng)”的敦煌寫經(jīng)殘片照片，與傅熹年同看，說其中一張好，書法秀美瀟灑，毫無職業(yè)寫經(jīng)人的習(xí)氣。
這是一篇寫經(jīng)的發(fā)愿文。文中稱，自己發(fā)愿要寫三千部《妙法蓮華經(jīng)》，以為亡母“太原王妃”祈福。兩人都覺得“太原王妃”眼熟，但一時想不起是誰。
幾天后再見面，啟功高興地說，終于想起來了！武則天之父武士彟死后追贈太原王，太原王妃即武則天的生母楊氏。但武士彟還有其他子女，不能確定要發(fā)愿寫經(jīng)的就是武則天。當(dāng)時無法查資料，這個疑問只能暫時擱置了。
1968年底“清理隊伍”后，傅熹年獲準(zhǔn)回到人民隊伍中，隨全院職工整體下放河南的“五七干校”。之后，建筑研究院被撤銷，人員星散。傅熹年被分配到甘肅天水，在國家建委第七工程局的工程公司為技術(shù)員，再次離開了古建。
鑒定工作結(jié)束后，傅熹年偶然翻閱舊筆記，起了對《百尺梧桐軒圖》加以考訂之心。因為這幅繪畫之精雅、題詩諸人的聲名之煊赫都給他留下了深刻的印象，為什么一幅偽作卻會有七位同時代名家為它題跋？
通過研究題詩的內(nèi)容和題詩的時間地點(diǎn)，他判定，畫上的梧桐軒主人應(yīng)是張士誠之弟張士信。當(dāng)時張士誠以富庶的平江（蘇州）為中心割據(jù)江浙11年之久，在遍布全國的元末起義烽煙中，這里成了一個文學(xué)藝術(shù)盛的孤島。傅熹年認(rèn)為，畫的作者應(yīng)是當(dāng)時居留在平江的一位名家，其畫風(fēng)受到趙孟頫的影響。張士誠兵敗身亡后，收藏者不得不裁去原款，偽托趙孟頫所作，實是為了將畫作保存下來而不是為了欺世盜名。因此，此圖雖非出自趙孟頫，也有特殊的歷史和藝術(shù)價值。
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