他沒想到的是，四年級(jí)劃分時(shí)，清華營建系已改為純工科的建筑系，沒有了建筑史。他被分到工業(yè)建筑，畢業(yè)后分配到中國科學(xué)院土木建筑研究所。幸而1956年9月中科院與清華建筑系合辦建筑歷史與理論研究室，梁思成任主任，傅熹年被所在單位派到這個(gè)研究室工作，得以回到母校清華。他以為終于實(shí)現(xiàn)了研究中國建筑史的夙愿，但命運(yùn)再一次捉弄了他。
反右運(yùn)動(dòng)中，因一些私下閑談被人揭發(fā)，他被劃成右派，1959年春下放建筑工程部的北京南口農(nóng)場(chǎng)勞動(dòng)。
說起這次下放，他只淡淡地說工作是“放牛、養(yǎng)豬、種老玉米”。他覺得自己很厲害的是給母豬接生，十個(gè)八個(gè)呼嚕一下子就生出來了，“挺好玩的”。下放的近兩年里，他抽空反復(fù)通讀了帶去的《資治通鑒》和宋《營造法式》。
1960年10月，他摘掉了右派帽子，返回單位。反右后，建筑歷史與理論研究室已被清華撤銷，經(jīng)梁思成聯(lián)系，傅熹年等非清華人員調(diào)到了建筑工程部所屬的建筑科學(xué)研究院建筑歷史室。工作室的主任是梁思成，副主任是劉敦楨、汪季琦。傅熹年被編入民居研究組，參加了王其明負(fù)責(zé)的浙江民居調(diào)查。

王其明告訴《中國新聞周刊》，組里有兩個(gè)能人，一個(gè)尚廓，一個(gè)傅熹年，兩個(gè)人手下都很有功夫。
建筑科學(xué)院的圖書館搜購了很多建筑方面的書籍，有的是外文原版的。傅熹年提醒王其明，其中有兩前歐洲建筑師到鄉(xiāng)村采風(fēng)所畫的建筑速寫圖冊(cè)，還有一本日本的《百棟集》，一百棟住宅每棟都配了一張平面圖、一張剖面圖和一張透視圖，可以參考。王其明深受啟發(fā)，覺得浙江民居調(diào)查也可以這樣做。
傅熹年作品：浙江杭州上天竺民居寫生稿。
王其明說，光畫平面圖、剖面圖不足以顯示建筑物的優(yōu)點(diǎn)，要畫透視圖，傅熹年畫透視圖是一絕?！八谋憩F(xiàn)能力特別強(qiáng)，圖畫得可帥了。他畫的那些民居寫生圖，有遠(yuǎn)有近，有大有小，配上的那些樹也很好。因?yàn)樗麑?duì)國畫的見識(shí)也比較多，很有才氣的?！?br/>
王其明覺得傅熹年很有鉆勁兒。他是紅綠色弱，考清華建筑系前就有意識(shí)地做“預(yù)習(xí)”，畫畫知道自己哪個(gè)顏色不準(zhǔn)，就注意調(diào)整。她覺得，傅熹年被劃右派受打擊很大，但對(duì)他來說也算一個(gè)很特殊的成長環(huán)境，還收獲了知心的愛人。他劃右派后，要跟在文物出版社工作的女友分手，女友卻堅(jiān)決不改志向，他也毫不動(dòng)搖，兩個(gè)人是等他摘了帽子后才結(jié)婚的。
除了畫圖，傅熹年的文史綜合能力也有了用武之地。在協(xié)助劉敦楨編寫《中國古代建筑史》時(shí)，他開始用研究古建筑的手法來考察一些重要古代名畫。

宋以前建筑實(shí)物，尤其是住宅全都滅失了，目前所見早的古代住宅是明前期的，再早就只能求諸文獻(xiàn)、繪畫等，其中繪畫是形象資料，尤其重要?，F(xiàn)存宋元繪畫中保存住宅資料豐富的是張擇端的《清明上河圖》和王希孟的《千里江山圖》?！肚迕魃虾訄D》所畫的是北宋汴梁城鄉(xiāng)建筑，以店鋪為主，兼有一部分住宅。畫中對(duì)建筑物的構(gòu)造、裝修細(xì)部都有精細(xì)的描繪，但因?yàn)楫嬅嫒【拜^近，在表現(xiàn)建筑全景方面就難以兼顧?！肚Ю锝綀D》則能加以補(bǔ)充，它是宋畫中表現(xiàn)住宅和村落全景多的一幅。

傅熹年還回憶，鑒定組開會(huì)時(shí)，他和劉久庵常坐在一起，互相交談。每次提出反對(duì)意見，總有人會(huì)問：你說不是他畫（寫）的，那你說是誰畫（寫）的？可能有感于此，一般鑒定時(shí)定其真?zhèn)尉蛪蛄?，但劉久庵還進(jìn)一步研究偽品，盡可能找出作偽者，如指出多件祝允明書法都是吳應(yīng)卯、文葆光偽作的。劉久庵不但熟悉大名家，還熟悉中小名家，對(duì)一些名家的不成功之作，他往往能力排眾議定其為真筆。
巡回鑒定工作于1989年底結(jié)束，共過目全國6萬多件書畫作品。作為鑒定成果，出版了10冊(cè)《中國古代書畫目錄》，其中編成24卷彩色《中國古代書畫圖錄》

鑒定工作結(jié)束后，傅熹年偶然翻閱舊筆記，起了對(duì)《百尺梧桐軒圖》加以考訂之心。因?yàn)檫@幅繪畫之精雅、題詩諸人的聲名之煊赫都給他留下了深刻的印象，為什么一幅偽作卻會(huì)有七位同時(shí)代名家為它題跋？
通過研究題詩的內(nèi)容和題詩的時(shí)間地點(diǎn)，他判定，畫上的梧桐軒主人應(yīng)是張士誠之弟張士信。當(dāng)時(shí)張士誠以富庶的平江（蘇州）為中心割據(jù)江浙11年之久，在遍布全國的元末起義烽煙中，這里成了一個(gè)文學(xué)藝術(shù)盛的孤島。傅熹年認(rèn)為，畫的作者應(yīng)是當(dāng)時(shí)居留在平江的一位名家，其畫風(fēng)受到趙孟頫的影響。張士誠兵敗身亡后，收藏者不得不裁去原款，偽托趙孟頫所作，實(shí)是為了將畫作保存下來而不是為了欺世盜名。因此，此圖雖非出自趙孟頫，也有特殊的歷史和藝術(shù)價(jià)值。

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