造成呼吸道疾病綜合征混合感染的病原體很多，有細菌和病毒，有時甚至有寄生蟲(如弓形蟲)。以前認為呼吸道疾病綜合征的主要病原體為肺炎支原體、PRRSV和豬流感病毒等，但自從發(fā)現(xiàn)PCV-2，特別是發(fā)生斷奶后多系統(tǒng)衰弱綜合征以來，其主要病原則轉(zhuǎn)變?yōu)榉窝字гw、PRRSV和PCV-2和豬流感病毒。據(jù)臺灣學者在德國漢堡召開的第18屆IPVS上發(fā)表的資料表明，PCV-2是主要的PRDC病原體，其次為多殺性巴氏桿菌和肺炎支原體。
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近的研究表明，肺炎支原體還可以促進PCV-2的感染。美國學者研究發(fā)現(xiàn)，在呼吸道疾病綜合征(PRDC)的臨床病例中，經(jīng)常發(fā)現(xiàn)肺炎支原體與PCV-2混合感染，而不一定有PRRSV或流感病毒的存在。PCV-2的抗原經(jīng)常發(fā)現(xiàn)于有肺炎支原體感染誘導增生的支氣管周圍淋巴組織區(qū)域。PCV-2/肺炎支原體的混合感染模型本身表明，PCV-2或肺炎支原體單感染只能引起輕微的一過性呼吸道疾病和病變，但如果二者混合感染，可導致嚴重的與PRDC和PMWS一致的呼吸道疾病癥狀和病變。
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雞傳染性法氏囊病毒在雞呼吸道中有重要作用，它可以提高雞對呼吸道病的易感性，實驗表明法氏囊病毒能降低雞對新城疫病毒、傳染性支氣管炎病毒、滑液支原體和黃曲霉的抗體應答能力。而在接種新城疫后，法氏囊中等毒力的毒株對新城疫抗體的產(chǎn)生有不同程度的干擾作用。先混合感染法氏囊病毒和大腸桿菌，不感染腺病毒的SPF雞群則不發(fā)病。法氏囊病毒導致的抑制是引起呼吸道病的重要因素。
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