生物有機(jī)肥中的有益微生物進(jìn)入土壤后與土壤中微生物形成相互間的共生增殖關(guān)系，抑制有害菌生長(zhǎng)并轉(zhuǎn)化為有益菌。

能直接或間接為作物提供多種營(yíng)養(yǎng)和刺激性物質(zhì)，促進(jìn)和調(diào)控作物生長(zhǎng)。生物有機(jī)肥提高土壤孔隙度、通透交換性及植物成活率、增加有益菌和土壤微生物及種群。

生物有機(jī)肥回收利用農(nóng)業(yè)廢棄物，減少環(huán)境污染，對(duì)人、畜、環(huán)境安全、，是一種環(huán)保型肥料。生物有機(jī)肥的生產(chǎn)原料很多，

生物有機(jī)肥的生產(chǎn)工藝主要是其中有機(jī)肥從生產(chǎn)原料到半成品的生產(chǎn)工藝。在生產(chǎn)上主要應(yīng)用的生產(chǎn)工藝有兩種，一種是平面條垛式堆肥工藝，一種是槽式好氧發(fā)酵工藝。此外，實(shí)驗(yàn)室小規(guī)模試制還有采用密封箱/罐式發(fā)酵。
主要來(lái)源于植物和（或）動(dòng)物，施于土壤以提供植物營(yíng)養(yǎng)為其主要功能的含碳物料。經(jīng)生物物質(zhì)、動(dòng)植物廢棄物、植物殘?bào)w加工而來(lái)，消除了其中的有毒有害物質(zhì)，富含大量有益物質(zhì)。
包括：多種有機(jī)酸、肽類(lèi)以及包括氮、磷、鉀在內(nèi)的豐富的營(yíng)養(yǎng)元素。不僅能為農(nóng)作物提供全面營(yíng)養(yǎng)，而且肥效長(zhǎng)，可增加和更新土壤有機(jī)質(zhì)，促進(jìn)微生物繁殖，改善土壤的理化性質(zhì)和生物活性，是綠色食品生產(chǎn)的主要養(yǎng)分。
在羅馬時(shí)代，農(nóng)民就發(fā)現(xiàn)在種植過(guò)豆科植物的大田里種植谷類(lèi)作物時(shí)，其產(chǎn)量有所提高，因此，就注意到細(xì)菌能增富農(nóng)業(yè)土壤中的營(yíng)養(yǎng)。
生物有機(jī)肥是指特定功能微生物與主要以動(dòng)植物殘?bào)w（如畜禽糞便、農(nóng)作物秸稈等）為來(lái)源并經(jīng)無(wú)害化處理、腐熟的有機(jī)物料復(fù)合而成的一類(lèi)兼具微生物肥料和有機(jī)肥效應(yīng)的肥料。生物有機(jī)肥相比化肥的優(yōu)勢(shì)生物有機(jī)肥營(yíng)養(yǎng)元素；化肥營(yíng)養(yǎng)元素只有一種或幾種。生物有機(jī)肥能夠改良土壤；化肥經(jīng)常使用會(huì)造成土壤板結(jié)。生物有機(jī)肥能提高產(chǎn)品品質(zhì)；化肥施用過(guò)多導(dǎo)致產(chǎn)品品質(zhì)低劣。