產(chǎn)品成本高。以生物航空燃料為例，其成本是石油航空煤油的數(shù)倍，在成本上沒(méi)有競(jìng)爭(zhēng)優(yōu)勢(shì)。雖然航空公司也會(huì)購(gòu)買(mǎi)一定數(shù)量的生物航空燃料，但考慮到成本，購(gòu)買(mǎi)量不會(huì)很大。此外，成品油的生產(chǎn)還將產(chǎn)生外部間接成本。

歐美國(guó)家對(duì)亞麻薺菜的種植和應(yīng)用進(jìn)行了探索。亞麻薺菜是一種古老的油料作物，生長(zhǎng)周期短（4個(gè)月），產(chǎn)油率高（30%–45%），化肥、農(nóng)藥、除草劑等投入量低，從中提取油，殘?jiān)庸こ娠暳?。在副產(chǎn)品附加值的幫助下，生物燃料的高成本是不夠的，甚至整個(gè)產(chǎn)業(yè)鏈都扭虧為盈。

微藻作為光合的光合生物之一，能提供大量非食物可再生生物質(zhì)能，積累大量脂類(lèi)，并能生產(chǎn)生物燃料。某些產(chǎn)油微藻的脂肪酸總量可達(dá)干重的50%~90%。更重要的是，微藻含有豐富的生物活性物質(zhì)，可在制備生物燃料的同時(shí)進(jìn)行值的綜合利用，相對(duì)降低微藻采油成本。