生物燃料的發(fā)展瓶頸盡管生物燃料已在世界各個(gè)領(lǐng)域得到應(yīng)用，但目前還沒(méi)有成為國(guó)際能源的主力軍。主要原因是以下限制。原材料來(lái)源不穩(wěn)定。由于多種原因，廚房廢油和木本油料作物作為原料來(lái)源不穩(wěn)定。

產(chǎn)品成本高。以生物航空燃料為例，其成本是石油航空煤油的數(shù)倍，在成本上沒(méi)有競(jìng)爭(zhēng)優(yōu)勢(shì)。雖然航空公司也會(huì)購(gòu)買(mǎi)一定數(shù)量的生物航空燃料，但考慮到成本，購(gòu)買(mǎi)量不會(huì)很大。此外，成品油的生產(chǎn)還將產(chǎn)生外部間接成本。

即所有轉(zhuǎn)化過(guò)程將不可避免地導(dǎo)致新的污染源，包括二氧化碳和其他污染物的排放；如果煉油后的廢渣，特別是煉油廢油的廢渣處理不當(dāng)，也會(huì)造成污染，治理污染的成本終會(huì)增加到成品油的價(jià)格中。

目前，生物燃料大的問(wèn)題是原材料的供應(yīng)。在今年全球糧食危機(jī)的背景下，廚房廢油和木本油料作物已成為重要的原材料來(lái)源。木本油料作物應(yīng)盡量不占用耕地和居民點(diǎn)用地，應(yīng)采用能適應(yīng)惡劣環(huán)境的作物為原料，如耐旱、耐鹽堿等環(huán)境的生物質(zhì)。完善廚余油回收系統(tǒng)，建立廚余垃圾收集、運(yùn)輸、管理一體化的運(yùn)營(yíng)模式。

歐美國(guó)家對(duì)亞麻薺菜的種植和應(yīng)用進(jìn)行了探索。亞麻薺菜是一種古老的油料作物，生長(zhǎng)周期短（4個(gè)月），產(chǎn)油率高（30%–45%），化肥、農(nóng)藥、除草劑等投入量低，從中提取油，殘?jiān)庸こ娠暳?。在副產(chǎn)品附加值的幫助下，生物燃料的高成本是不夠的，甚至整個(gè)產(chǎn)業(yè)鏈都扭虧為盈。

20世紀(jì)70年代，美國(guó)能源部為了發(fā)展可持續(xù)能源，對(duì)微藻進(jìn)行了大規(guī)模的收集、篩選和鑒定，終獲得了300多種產(chǎn)油微藻，即脂類(lèi)占細(xì)胞干重20%以上的微藻。其中，小球藻微球菌的脂比高達(dá)68%。據(jù)估計(jì)，藻類(lèi)的年產(chǎn)油量可達(dá)到每公頃養(yǎng)殖面積15000至80000升。