產(chǎn)品成本高。以生物航空燃料為例，其成本是石油航空煤油的數(shù)倍，在成本上沒(méi)有競(jìng)爭(zhēng)優(yōu)勢(shì)。雖然航空公司也會(huì)購(gòu)買(mǎi)一定數(shù)量的生物航空燃料，但考慮到成本，購(gòu)買(mǎi)量不會(huì)很大。此外，成品油的生產(chǎn)還將產(chǎn)生外部間接成本。

即所有轉(zhuǎn)化過(guò)程將不可避免地導(dǎo)致新的污染源，包括二氧化碳和其他污染物的排放；如果煉油后的廢渣，特別是煉油廢油的廢渣處理不當(dāng)，也會(huì)造成污染，治理污染的成本終會(huì)增加到成品油的價(jià)格中。

例如，為了監(jiān)督廢油的去向，促進(jìn)廢油的回收和利用，英國(guó)已迫使餐館安裝烹飪廢油回收系統(tǒng)；荷蘭廢油回收由資助，降低了生物航空燃料精煉企業(yè)的高回收成本；在日本，廢油由回收公司回收，并由購(gòu)買(mǎi)。如果生物燃料要完全取代石油產(chǎn)品，不僅需要解決成本問(wèn)題，還需要建立一個(gè)完整的生物燃料供應(yīng)鏈。

歐美國(guó)家對(duì)亞麻薺菜的種植和應(yīng)用進(jìn)行了探索。亞麻薺菜是一種古老的油料作物，生長(zhǎng)周期短（4個(gè)月），產(chǎn)油率高（30%–45%），化肥、農(nóng)藥、除草劑等投入量低，從中提取油，殘?jiān)庸こ娠暳?。在副產(chǎn)品附加值的幫助下，生物燃料的高成本是不夠的，甚至整個(gè)產(chǎn)業(yè)鏈都扭虧為盈。

此外，可以制定政策，引導(dǎo)消費(fèi)者積極參與生物燃料的使用。歐盟航空公司開(kāi)發(fā)了碳排放交易系統(tǒng)，并為航空公司規(guī)定了碳排放配額。在該系統(tǒng)中，以2004年至2006年往返歐盟的航空公司的年平均碳排放量作為該航空公司的排放基線。

2012年航空公司的累計(jì)碳排放量不得超過(guò)基線的97%，2013年不得超過(guò)基線的95%。在排放制度實(shí)施初期，航空公司可以免費(fèi)獲得一定比例的免費(fèi)排放配額，但免費(fèi)配額逐年減少，非免費(fèi)配額需要通過(guò)有償拍賣(mài)獲得。