即所有轉(zhuǎn)化過(guò)程將不可避免地導(dǎo)致新的污染源，包括二氧化碳和其他污染物的排放；如果煉油后的廢渣，特別是煉油廢油的廢渣處理不當(dāng)，也會(huì)造成污染，治理污染的成本終會(huì)增加到成品油的價(jià)格中。

目前，生物燃料大的問(wèn)題是原材料的供應(yīng)。在今年全球糧食危機(jī)的背景下，廚房廢油和木本油料作物已成為重要的原材料來(lái)源。木本油料作物應(yīng)盡量不占用耕地和居民點(diǎn)用地，應(yīng)采用能適應(yīng)惡劣環(huán)境的作物為原料，如耐旱、耐鹽堿等環(huán)境的生物質(zhì)。完善廚余油回收系統(tǒng)，建立廚余垃圾收集、運(yùn)輸、管理一體化的運(yùn)營(yíng)模式。

此外，可以制定政策，引導(dǎo)消費(fèi)者積極參與生物燃料的使用。歐盟航空公司開(kāi)發(fā)了碳排放交易系統(tǒng)，并為航空公司規(guī)定了碳排放配額。在該系統(tǒng)中，以2004年至2006年往返歐盟的航空公司的年平均碳排放量作為該航空公司的排放基線。

生物燃料的佳解決方案即微藻，大小從幾微米到數(shù)百微米不等。它們可以地生產(chǎn)脂類(lèi)、蛋白質(zhì)、多糖和其他有機(jī)物質(zhì)。它們對(duì)環(huán)境適應(yīng)性強(qiáng)，體積小，繁殖速度快。其中，油脂可以通過(guò)酯交換反應(yīng)轉(zhuǎn)化為生物柴油。

為什么微囊藻有如此高的脂比？答案在于其特的碳封存能力。光合作用是自然界生物固碳的基礎(chǔ)。地球上每分鐘大約有300萬(wàn)噸二氧化碳和110萬(wàn)噸水可以通過(guò)光合作用轉(zhuǎn)化為200萬(wàn)噸有機(jī)物，同時(shí)可以釋放210萬(wàn)噸氧氣。

然而，目前微藻生物柴油的生產(chǎn)成本仍然很高，這是制約其商業(yè)化生產(chǎn)的瓶頸。除了繼續(xù)開(kāi)發(fā)具有優(yōu)良產(chǎn)油性能的藻類(lèi)外，還實(shí)現(xiàn)微藻生產(chǎn)的綜合利用。例如，從微藻中獲得高附加值產(chǎn)品，如DHA、類(lèi)胡蘿卜素和活性多糖，并將廢棄海藻殘?jiān)米魉a(chǎn)養(yǎng)殖的誘餌。