全球每年產(chǎn)生大量廚房廢油，但由于來源分散，回收難度加大。據(jù)統(tǒng)計，原材料收集成本占生物燃料成本的70%-80%。然而，木本油料植物受季節(jié)影響，難以維持可持續(xù)供應(yīng)。糧食原料存在著“人爭糧”、“人爭地”的問題。現(xiàn)有油料作物不符合生長周期短、含油量高的特點。

目前，生物燃料用于世界各地的航空試飛。大多數(shù)生物燃料是按一定比例添加到傳統(tǒng)航空燃料中的。雖然世界上大多數(shù)航空公司進行的飛行試驗結(jié)果表明，生物燃料和傳統(tǒng)燃料的混合可以在不改變飛機發(fā)動機結(jié)構(gòu)的情況下提高飛行效率，生物燃料是否足夠安全，以及它們是否會腐蝕或侵入發(fā)動機材料，但還需要進一步的討論和驗證。

產(chǎn)品成本高。以生物航空燃料為例，其成本是石油航空煤油的數(shù)倍，在成本上沒有競爭優(yōu)勢。雖然航空公司也會購買一定數(shù)量的生物航空燃料，但考慮到成本，購買量不會很大。此外，成品油的生產(chǎn)還將產(chǎn)生外部間接成本。

即所有轉(zhuǎn)化過程將不可避免地導(dǎo)致新的污染源，包括二氧化碳和其他污染物的排放；如果煉油后的廢渣，特別是煉油廢油的廢渣處理不當，也會造成污染，治理污染的成本終會增加到成品油的價格中。

目前，生物燃料大的問題是原材料的供應(yīng)。在今年全球糧食危機的背景下，廚房廢油和木本油料作物已成為重要的原材料來源。木本油料作物應(yīng)盡量不占用耕地和居民點用地，應(yīng)采用能適應(yīng)惡劣環(huán)境的作物為原料，如耐旱、耐鹽堿等環(huán)境的生物質(zhì)。完善廚余油回收系統(tǒng)，建立廚余垃圾收集、運輸、管理一體化的運營模式。

微藻作為光合的光合生物之一，能提供大量非食物可再生生物質(zhì)能，積累大量脂類，并能生產(chǎn)生物燃料。某些產(chǎn)油微藻的脂肪酸總量可達干重的50%~90%。更重要的是，微藻含有豐富的生物活性物質(zhì)，可在制備生物燃料的同時進行值的綜合利用，相對降低微藻采油成本。