即所有轉化過程將不可避免地導致新的污染源，包括二氧化碳和其他污染物的排放；如果煉油后的廢渣，特別是煉油廢油的廢渣處理不當，也會造成污染，治理污染的成本終會增加到成品油的價格中。

2012年航空公司的累計碳排放量不得超過基線的97%，2013年不得超過基線的95%。在排放制度實施初期，航空公司可以免費獲得一定比例的免費排放配額，但免費配額逐年減少，非免費配額需要通過有償拍賣獲得。

微藻作為光合的光合生物之一，能提供大量非食物可再生生物質能，積累大量脂類，并能生產(chǎn)生物燃料。某些產(chǎn)油微藻的脂肪酸總量可達干重的50%~90%。更重要的是，微藻含有豐富的生物活性物質，可在制備生物燃料的同時進行值的綜合利用，相對降低微藻采油成本。