他沒想到的是，四年級劃分時，清華營建系已改為純工科的建筑系，沒有了建筑史。他被分到工業(yè)建筑，畢業(yè)后分配到中國科學(xué)院土木建筑研究所。幸而1956年9月中科院與清華建筑系合辦建筑歷史與理論研究室，梁思成任主任，傅熹年被所在單位派到這個研究室工作，得以回到母校清華。他以為終于實現(xiàn)了研究中國建筑史的夙愿，但命運再一次捉弄了他。
反右運動中，因一些私下閑談被人揭發(fā)，他被劃成右派，1959年春下放建筑工程部的北京南口農(nóng)場勞動。
說起這次下放，他只淡淡地說工作是“放牛、養(yǎng)豬、種老玉米”。他覺得自己很厲害的是給母豬接生，十個八個呼嚕一下子就生出來了，“挺好玩的”。下放的近兩年里，他抽空反復(fù)通讀了帶去的《資治通鑒》和宋《營造法式》。
1960年10月，他摘掉了右派帽子，返回單位。反右后，建筑歷史與理論研究室已被清華撤銷，經(jīng)梁思成聯(lián)系，傅熹年等非清華人員調(diào)到了建筑工程部所屬的建筑科學(xué)研究院建筑歷史室。工作室的主任是梁思成，副主任是劉敦楨、汪季琦。傅熹年被編入民居研究組，參加了王其明負責(zé)的浙江民居調(diào)查。

王其明告訴《中國新聞周刊》，組里有兩個能人，一個尚廓，一個傅熹年，兩個人手下都很有功夫。
建筑科學(xué)院的圖書館搜購了很多建筑方面的書籍，有的是外文原版的。傅熹年提醒王其明，其中有兩前歐洲建筑師到鄉(xiāng)村采風(fēng)所畫的建筑速寫圖冊，還有一本日本的《百棟集》，一百棟住宅每棟都配了一張平面圖、一張剖面圖和一張透視圖，可以參考。王其明深受啟發(fā)，覺得浙江民居調(diào)查也可以這樣做。
傅熹年作品：浙江杭州上天竺民居寫生稿。
王其明說，光畫平面圖、剖面圖不足以顯示建筑物的優(yōu)點，要畫透視圖，傅熹年畫透視圖是一絕。“他的表現(xiàn)能力特別強，圖畫得可帥了。他畫的那些民居寫生圖，有遠有近，有大有小，配上的那些樹也很好。因為他對國畫的見識也比較多，很有才氣的?！?br/>
1972年夏，國家文物局籌備出國文物展覽，將傅熹年借調(diào)回京，又給了他一次重拾舊業(yè)的機會。他畫了很多供出國展覽的圖，包括根據(jù)唐長安大明宮含元殿等遺址實測圖繪制復(fù)原圖和彩色渲染圖。
這期間，他有了重新接觸古籍的機會，得以查了二十四史中的《舊唐書》和《新唐書》。啟功的圖書也已啟封，查了《資治通鑒》。他們都發(fā)現(xiàn)了寫經(jīng)發(fā)愿人為武則天的確切證據(jù)，英雄所見略同，彼此撫掌稱快，認為總算解決了一樁小公案。
但如果要寫成文章，當時卻頗有些“違礙”之處。因為這段歷史的背后，涉及武則天迫害同父異母哥哥致死、毒死外甥女等狠毒之事，以及她表面上孝心通天實際上卻公然污蔑自己的母親與外孫亂倫。這在當時大捧“女皇”的情況下，實無異于自尋煩惱。
直到后，編《中國法書全集》，啟功和傅熹年都覺得應(yīng)該收入武則天的這篇發(fā)愿文殘段，傅熹年才寫出了這篇考證文章。因為無論如何，其中的書法之美，都不能不令人贊嘆。至今，這段發(fā)愿文殘片的照片還壓在他書桌的玻璃下。

鑒定全國公藏古代書畫
后，傅熹年結(jié)束了多年的漂泊生涯，得以回歸，右派問題也在1979年“改正”。但是，他仍然不能心無旁騖地搞，因為，80年代，他又“跨界”成為了中國古代書畫鑒定組成員。
全國古代書畫鑒定工作早開始于60年代初。在周恩來的指示下，文化部文物局組成了鑒定小組，張珩為組長。張珩于1963年病逝，不久“文革”開始，這項工作就完全停頓了，直到1983年，才在谷牧的批示下重啟。當時決定，由中宣部下發(fā)文件，將鑒定全國公藏古代書畫作為一項國家任務(wù)下達。
1983年8月，中國古代書畫鑒定組正式在北京成立，上海博物館顧問謝稚柳和北京師范大學(xué)教授啟功任組長，謝辰生代表文化部文物局負責(zé)協(xié)調(diào)工作，組員有故宮博物院研究員徐邦達、遼寧省博物館副館長楊仁愷、故宮博物院研究員劉九庵，以及當時在中國建筑技術(shù)發(fā)展中心建筑歷史研究所任研究員的傅熹年。
傅熹年是在啟功、徐邦達和謝辰生的聯(lián)合推薦下進入這個組的，全組七個人中，六人都是七十往上的老，只有他是50歲的“小字輩”。

8月底，期巡回鑒定在北京啟動。在故宮博物院麗景軒鑒定書畫，以“文革”中的抄家文物為主。接下來，先后鑒定了北京市文物局、北京文物總店、中國歷史博物館、首都博物館和故宮博物館所藏書畫。
由于鑒定組大多是高齡老人，鑒定只在春秋兩季進行，每次三個月?！肚迕魃虾訄D》《千里江山圖》等名畫當然也要過一下眼，過完就趕緊收了，這些都是早已公認的國寶。
1985年、1986年上半年，鑒定組移師上海。在上海，發(fā)生了較大的意見分歧。
上海博物館所藏元代名畫中，有一卷題為趙孟頫所繪《百尺梧桐軒圖》。此圖絹本，青綠設(shè)色，畫的是園居閑適之景。圖中一人便服閑坐在梧桐軒中，旁有一童子捧茗，一使者抱琴，高大的梧桐樹環(huán)繞四周。全圖筆法秀雅，設(shè)色工麗。畫后有周伯琦、張紳、倪瓚等七人的題詩，都是元末名家。對此畫是否為趙孟頫所畫，傅熹年提出了不同看法。

這是他次目睹此畫實物。他注意到，位于畫幅右上方的款識“吳興趙孟頫”筆法滯澀，且從構(gòu)圖上看畫幅右方頗顯局促，因而認為畫作并非趙孟頫作品，而是經(jīng)過了剪裁，作者原款被裁去，“趙孟頫”的名字是后來添加的。
因為全國需鑒定的書畫作品很多，當時商定，鑒定組采取不爭論原則，將不同意見作為附注標注。謝辰生只負責(zé)協(xié)調(diào)工作，啟功沒有參加這次鑒定，參加的5個中，徐邦達、楊仁愷、劉九庵3人同意這個意見。后的鑒定意見為，該畫為元人作品，但非趙孟頫所作。
鑒定組在沈陽工作時，也發(fā)生過較大爭論，尤其是對一些畫的年代分歧很大。
1986年后，徐邦達實際上不參加鑒定了，啟功也經(jīng)常不來，劉九庵和傅熹年不得不負起主要責(zé)任來，大量的反對意見都是他們倆簽署的。
傅熹年說，并不是每一位都堅持自己主持收購的書畫為真，徐邦達就很大度，他替故宮收進的字畫，如果鑒定組認為是假的，他也認賬。